Continuă să facă misiona­rism în mijlocul credinciosilor din NeamÅ£ greu încercaÅ£i de abaterile morale si de stilism. În februarie 1948 obÅ£ine auto­rizaÅ£ie de la Ministerul Infor­maÅ£iilor si Patriarhia Română pentru a face colportaj și a rula cu cinematograful. Însă, noul regim nu putea accepta misio­narismul crestin. În seara zilei de 21 martie 1948, în scoala din Humulești, Dosoftei Moraru rulează două filme „ViaÅ£a lui Iisus” și „Jertfa lui Avram”, apoi împarte mai multe exemplare din broșura „Stil vechi sau credinÅ£a” scrisă de protosinghelul Nicodim MăndiÅ£ă. La câteva zile, SiguranÅ£a NeamÅ£ primește un denunÅ£ cum că părintele Dosoftei ar fi colportat broșuri cu conÅ£inut „antidemocratic, anticomunist și rasist”. În fapt, era vorba de o frază inserată de cenzura antonesciană la data publicării broÅŸurii, 1942. Au urmat percheziÅ£ii în chilia părintelui de la Sihăstria ÅŸi confis­carea celor 160 de exemplare, a aparatului cinematograf ÅŸi a filmelor. TotuÅŸi, prin SentinÅ£a nr. 282 din 3 iunie 1948 a Tribu­nalului Militar IaÅŸi, părintele a fost con­damnat la 1 an închisoare corecÅ£ională cu suspendare.

După acest moment, părintele Dosof- tei se hotăreÅŸte să intre la magisteriu. Vine în BucureÅŸti, alăturându-se obÅŸtii de la mănăstirea Antim. SlujeÅŸte la Antim, dar ÅŸi la Catedrala patriarhală. În 1954 este remarcat de episcopul Teofil Herineanu al Romanului ÅŸi HuÅŸilor, care îl cheamă în postul de eclesiarh al catedralei romaÅŸcane. Aici slujeÅŸte doar doi ani, deoarece este rechemat la mănăstirea de metanie. Mitropolitul Sebastian Rusan al Moldo­vei dorea să refacă duhovniceÅŸte mănăs­tirea Putna ÅŸi ceruse Sihăstriei formarea unei obÅŸti. Astfel, din 17 mai 1956 Do­softei Moraru a devine stareÅ£ul Putnei în fruntea celor 16 monahi plecaÅ£i de la Si­hăstria.

În calitate de stareÅ£ al Putnei voievo­dale, părintele Dosoftei s-a îngrijit de re­vigorarea vieÅ£ii monahale, dar ÅŸi de asi­gurarea unor condiÅ£ii economice propice funcÅ£ionării mănăstirii. E drept că revi­gorarea vieÅ£ii monastice de la Putna nu se făcea fără aprobarea autorităÅ£ilor statului, în contextul jubileului de 500 de ani de la urcarea pe tronul Moldovei a domnitorului Åžtefan cel Mare. În acest context, pentru asigurarea traiului monahal, stareÅ£ul Dosoftei a făcut demersuri în vederea obÅ£inerii, măcar în parte, a unor proprietăÅ£i funciare vechi ale mănăstirii, aflate în posesia autorităÅ£ilor statului. Însă, demersurile părintelui au iritat autorită­Å£ile statului. La această situaÅ£ie deja ten­sionată, se adăugau manifestările cultu­rale organizate la jubileul putnean din 14 aprilie 1957 de către studenÅ£ii ieÅŸeni la iniÅ£iativa lui Alexandru Zub (ideea unui pelerinaj la mănăstirea voievodală era con­siderată „de inspiraÅ£ie legionară”). Din aceste motive, la intervenÅ£ia Departamen­tului Cultelor, părintele Dosoftei a fost înlocuit din stăreÅ£ie.

Părintele revine cu slujirea la Cate­drala patriarhală, mai ales pentru obÅ£i­nerea doctoratului în Teologie. Însă, autorităÅ£ile declanÅŸaseră un nou val de arestări ÅŸi de restricÅ£ionare a vieÅ£ii monahale din România. Este arestat în noap­tea de 7 spre 8 august 1959, din chilia sa de la Patriarhia Română. În ancheta de la Ministerul de Interne este acuzat de două mari infracÅ£iuni: „activitate intensă contra clasei muncitoare” și „uneltire contra ordinii sociale”. Faptele încadrate la prima infracÅ£iune erau acti­vitatea misionară și publicistică a părin­telui în Transnistria, adică, conform anchetatorilor, „făcea propagandă împo­triva clasei muncitoare si a miÅŸcării revoluÅ£ionare; de asemenea, în mod eronat căuta să arate că în orânduirea socialis­tă cei care renunÅ£ă la religie sunt bătuÅ£i ÅŸi supuÅŸi la alte pedepse”. Conform pri­mei anchete consemnate (9 august), părintele „a recunoscut” faptele sale. Însă, pentru anchetatori dosarul era prea subÅ£ire. AceÅŸtia au recurs la audierea unor martori, din a căror procese ver­bale reieÅŸea că, în timpul studiilor la Seminarul de la Cernica, apoi în vieÅ£uirea de la Sihăstria ÅŸi Putna, părintele ar fi întreÅ£inut o „activitate legionară” inspi­rată de călugări, precum Daniil Sandu Tudor sau Arsenie Papacioc. Astfel, era încadrat la a doua infracÅ£iune, cea de „uneltire contra ordinii sociale”.

La proces, în data de 26 ianuarie 1960, părintele Dosoftei nu a recunoscut nimic din acuzaÅ£iile legate de vreo activitate le­gionară, iar la 19 martie a fost condamnat prin SentinÅ£a nr. 33 a Tribunalului Militar BucureÅŸti la 5 ani temniÅ£ă grea, pentru infracÅ£iunea de „activitate contra clasei mun­citoare”. Însă, conform Decretului nr. 421/1955 executarea pedepsei era sus­pendată. Decizia nu a fost bine primită de organele SecurităÅ£ii. Într-un raport, an­chetatorul Gheorghe Enoiu arăta că „ho­tărârea instanÅ£ei este greÅŸită”, cerând in­troducerea „recursului în supraveghere”. Pentru că prevederile Codului penal nu permiteau reanchetarea persoanei în ca­uză, atunci Enoiu a cerut eliberarea ÅŸi rearestarea părintelui. Astfel, la 1 august 1960, părintele a fost eliberat, pentru ca la 11 octombrie acelaÅŸi an să fie rearestat, după ce la 29 septembrie Tribunalul Militar Suprem emisese Decizia nr. 248 de condamnare la 6 ani temniÅ£ă grea. A urmat calvarul detenÅ£iei: Jilava (octom­brie 1960), Gherla (noiembrie 1962), Aiud (februarie 1963), Salcia (mai 1963). A fost eliberat la 22 iulie 1964 din lagărul de muncă de la Ostrov.