La denunţul unui comisar de Siguranţă, cum că ar fi complotat împotriva primului ministru Armand Călinescu şi chiar a regelui Carol al Il-lea, Con­stantin Dumitru este arestat. Este anchetat la Ploieşti şi Bucureşti în condiţii groaznice, de nesuportat pentru un om, astfel obţinându-şi porecla de „Fachiru”. În fapt, el îi cunoştea pe cei care complotaseră. Prin sentinţa Tri­bunalului Corpului 2 Armată Bucureşti, tână­rul Dumitru primeşte o condamnare de 20 ani muncă silnică. Cunoaşte penitenciarul de la Jilava, apoi pe cel din Chişinău, de unde este evacuat la cedarea Basarabiei, mutat la Huşi, respectiv Văcăreşti. Pe fondul ascensi­unii legionarilor la putere, la 11 august 1940 este amnistiat, dar eliberat abia la 4 septem­brie. În timpul guvernării legionare refuză conducerea Corpului Muncitoresc legionar de la Ploieşti. La rebeliune, în timp ce se afla într-o audienţă în biroul prefectului de Pra­hova, este împuşcat cu trei gloanţe: două în spate şi unul în cap. Este operat într-un spi­tal din Ploieşti, pentru glontele din cap medi­cii refuzând să intervină. Deoarece organele antonesciene declanşaseră seria arestărilor în rândul legionarilor, după trei săptămâni de spitalizare Constantin Dumitru fuge din Plo­ieşti. Timp de doi ani se ascunde pe Valea Prahovei şi în Bucureşti. Pentru că luase legă­tura cu un legionar, ulterior reţinut, la 10 noiembrie 1943 este arestat de Siguranţă. Este anchetat asupra presupuselor încercări de reorganizare pe linie legionară, refuzând să recunoască acuzaţiile. Printr-o sentinţă a Curţii Marţiale Bucureşti din 24 decembrie 1943 primeşte o condamnare de 10 ani muncă silnică. Este trimis la Aiud, unde se alătură „grupului misticilor”, din care făceau parte: Traian Trifan, Marin Naidim, Ioan Ianolide şi Anghel Papacioc. După război munceşte în cadrul fermelor arendate de penitenciar de la Galda, Unirea şi Ciugudel. I se reduce pedeapsa cu doi ani şi jumătate. La expira­rea pedepsei nu este eliberat. După un tran­zit în lagărul Ghencea-Bucureşti, la 17 sep­tembrie 1951 este internat pentru 24 luni în colonia de muncă de la Bicaz, unde se ridica hidrocentrala. Aici a lucrat din greu, făcând mai multe norme pe zi în condiţii periculoase şi scăpând cu viaţă în nenumă­rate rânduri. Aşa a devenit cunoscut printre deţinuţi cu numele de „Costică, omul lui Dumnezeu”. În noiembrie 1953 este mutat în colonia de la Borzeşti, apoi în martie 1954 la Oneşti şi, în mai acelaşi an, din nou la Borzeşti. De aici, la 8 iunie 1954 este trimis în ancheta Securităţii din Ploieşti şi rearestat. La controlul medical i se depistează o „dis­trofic alimentară, edeme corectice ale mem­brilor inferioare”. Este anchetat pentru „mal­tratarea evreilor” în timpul rebeliunii legionare. În fapt, era victima unei neferi­cite confuzii cu un legionar, contabil de meserie, care în timpul guvernării legionare făcuse parte din poliţia legionară, iar în iunie 1949 primise o condamnare în lipsă de 20 ani muncă silnică (lot format din foşti mem­bri ai poliţiei legionare). În cele din urmă, Securitatea face identificarea corectă a per­soanei în cauză, cu numele de Constantin Dumitrescu, apoi o trimite în penitenciarul Aiud. Cu toate acestea, la 18 ianuarie 1955, Constantin Dumitru este trimis în penitenciarul Ploieşti, iar la 18 februarie acelaşi an mutat la Gherla.

Aflat în Gherla, la 22 februarie 1955 Constantin Dumitru înaintează un memoriu către conducerea Ministerului Afacerilor Interne în care explică abuzurile la care fuse­se supus de către Securitate. În iulie 1955 este mutat la Jilava, în vederea procesului de la Bucureşti. Conform Decretului nr. 421/1955, prin Decizia penală nr. 1412 din 17 decem­brie 1955 este graţiat. Este eliberat la 15 apri­lie 1956 din penitenciarul Jilava.

Încă din timpul detenţiei de la Aiud, Constantin Dumitru se gândise să intre în viaţa monahală. Vizitează mănăstirile Plumbuita şi Antim, se întâlneşte cu Felix Dubneac, îl găseşte pe părintele Benedict Ghiuş, care îi recomandă să meargă la Cernica pentru încercarea duhovnicească. Totuşi, o vreme locuieşte la domiciliul din Ploieşti, in­trând în legătură cu foşti cunoscuţi din peri­oada interbelică sau din vremea detenţiei. În duminici şi sărbători sau în alte ocazii se în­tâlneşte cu aceştia, mai ales în biserici din Ploieşti. Îl regăseşte pe bunul său prieten din temniţa Aiudului, Anghel Papacioc, acum duhovnicul Arsenie de la mănăstirea Slatina. Îi devine ucenic părintelui Arsenie, pentru care la 15 august 1957 intră ca frate în Slatina voievodală.

În noaptea de 13 spre 14 iunie 1958, după Sfânta Liturghie din mănăstire, este arestat alături de duhovnicul său. După o perchezi­ţie, cei doi sunt trimişi, mai întâi la Suceava, apoi spre Bucureşti. Fratele Constantin Dumitru este lăsat la Securitatea Ploieşti, în timp ce Arsenie Papacioc trimis în ancheta de la Bucureşti pentru apartenenţa la Rugul Aprins. Constantin Dumitru este anchetat timp de un an, în condiţii îngrozitoare. Principala acuzaţie era de reorganizare a miş­cării legionare „din fostul judeţ Prahova” după eliberarea din 1956. Era un nou scenariu pus la cale de Securitate, la ordinul partidului. Anchetatorii susţineau că, prin legăturile sale cu foşti legionari şi clerici, unii din Rugul Aprins, cum era considerat Arsenie Papacioc, fratele Constantin ar fi participat la regrupa­rea legionarilor din Prahova. El a refuzat să recunoască toate acuzaţiile, inclusiv cele pen­tru care fusese anchetat de Siguranţa carlistă şi cea antonesciană, în 1939 şi 1943. Cu toate maltratările fizice şi psihice la care a fost supus, el a refuzat să accepte acuzaţiile şi de­claraţiile date de ceilalţi anchetaţi în lot, sus­ţinând că abandonase lupta politică, pentru a se dedica vieţii monahale. Prin Sentinţa nr. 3 din 16 ianuarie 1960 a Tribunalului Militar Bucureşti, el a fost condamnat la 22 ani mun­că silnică, pentru „uneltire contra ordinii so­ciale”. A fost trimis la Jilava (25 octombrie 1959), unde i s-a luat dulama, apoi la Aiud, unde a cunoscut rigorile reeducării orches­trate de colonelul Gheorghe Crăciun. Majoritatea detenţiei o suportă în Zarcă, dar mai ales la Izolator, atunci când primea pe­depse. De pildă, la 1 august 1960 este sur­prins de gardian în timp ce „scria probleme de religie” pe o bucată de săpun. Pentru fap­ta sa a primit „5 zile de izolare cu regim se­ver”. A refuzat categoric să participe la reedu­care, după cum arăta într-o declaraţie dată colonelului Crăciun. De aceea, a fost eliberat abia la 31 iulie 1964 din penitenciarul Aiud.