Continuă să facă misiona­rism în mijlocul credinciosilor din Neamţ greu încercaţi de abaterile morale si de stilism. În februarie 1948 obţine auto­rizaţie de la Ministerul Infor­maţiilor si Patriarhia Română pentru a face colportaj și a rula cu cinematograful. Însă, noul regim nu putea accepta misio­narismul crestin. În seara zilei de 21 martie 1948, în scoala din Humulești, Dosoftei Moraru rulează două filme „Viaţa lui Iisus” și „Jertfa lui Avram”, apoi împarte mai multe exemplare din broșura „Stil vechi sau credinţa” scrisă de protosinghelul Nicodim Măndiţă. La câteva zile, Siguranţa Neamţ primește un denunţ cum că părintele Dosoftei ar fi colportat broșuri cu conţinut „antidemocratic, anticomunist și rasist”. În fapt, era vorba de o frază inserată de cenzura antonesciană la data publicării broşurii, 1942. Au urmat percheziţii în chilia părintelui de la Sihăstria şi confis­carea celor 160 de exemplare, a aparatului cinematograf şi a filmelor. Totuşi, prin Sentinţa nr. 282 din 3 iunie 1948 a Tribu­nalului Militar Iaşi, părintele a fost con­damnat la 1 an închisoare corecţională cu suspendare.

După acest moment, părintele Dosof- tei se hotăreşte să intre la magisteriu. Vine în Bucureşti, alăturându-se obştii de la mănăstirea Antim. Slujeşte la Antim, dar şi la Catedrala patriarhală. În 1954 este remarcat de episcopul Teofil Herineanu al Romanului şi Huşilor, care îl cheamă în postul de eclesiarh al catedralei romaşcane. Aici slujeşte doar doi ani, deoarece este rechemat la mănăstirea de metanie. Mitropolitul Sebastian Rusan al Moldo­vei dorea să refacă duhovniceşte mănăs­tirea Putna şi ceruse Sihăstriei formarea unei obşti. Astfel, din 17 mai 1956 Do­softei Moraru a devine stareţul Putnei în fruntea celor 16 monahi plecaţi de la Si­hăstria.

În calitate de stareţ al Putnei voievo­dale, părintele Dosoftei s-a îngrijit de re­vigorarea vieţii monahale, dar şi de asi­gurarea unor condiţii economice propice funcţionării mănăstirii. E drept că revi­gorarea vieţii monastice de la Putna nu se făcea fără aprobarea autorităţilor statului, în contextul jubileului de 500 de ani de la urcarea pe tronul Moldovei a domnitorului Ştefan cel Mare. În acest context, pentru asigurarea traiului monahal, stareţul Dosoftei a făcut demersuri în vederea obţinerii, măcar în parte, a unor proprietăţi funciare vechi ale mănăstirii, aflate în posesia autorităţilor statului. Însă, demersurile părintelui au iritat autorită­ţile statului. La această situaţie deja ten­sionată, se adăugau manifestările cultu­rale organizate la jubileul putnean din 14 aprilie 1957 de către studenţii ieşeni la iniţiativa lui Alexandru Zub (ideea unui pelerinaj la mănăstirea voievodală era con­siderată „de inspiraţie legionară”). Din aceste motive, la intervenţia Departamen­tului Cultelor, părintele Dosoftei a fost înlocuit din stăreţie.

Părintele revine cu slujirea la Cate­drala patriarhală, mai ales pentru obţi­nerea doctoratului în Teologie. Însă, autorităţile declanşaseră un nou val de arestări şi de restricţionare a vieţii monahale din România. Este arestat în noap­tea de 7 spre 8 august 1959, din chilia sa de la Patriarhia Română. În ancheta de la Ministerul de Interne este acuzat de două mari infracţiuni: „activitate intensă contra clasei muncitoare” și „uneltire contra ordinii sociale”. Faptele încadrate la prima infracţiune erau acti­vitatea misionară și publicistică a părin­telui în Transnistria, adică, conform anchetatorilor, „făcea propagandă împo­triva clasei muncitoare si a mişcării revoluţionare; de asemenea, în mod eronat căuta să arate că în orânduirea socialis­tă cei care renunţă la religie sunt bătuţi şi supuşi la alte pedepse”. Conform pri­mei anchete consemnate (9 august), părintele „a recunoscut” faptele sale. Însă, pentru anchetatori dosarul era prea subţire. Aceştia au recurs la audierea unor martori, din a căror procese ver­bale reieşea că, în timpul studiilor la Seminarul de la Cernica, apoi în vieţuirea de la Sihăstria şi Putna, părintele ar fi întreţinut o „activitate legionară” inspi­rată de călugări, precum Daniil Sandu Tudor sau Arsenie Papacioc. Astfel, era încadrat la a doua infracţiune, cea de „uneltire contra ordinii sociale”.

La proces, în data de 26 ianuarie 1960, părintele Dosoftei nu a recunoscut nimic din acuzaţiile legate de vreo activitate le­gionară, iar la 19 martie a fost condamnat prin Sentinţa nr. 33 a Tribunalului Militar Bucureşti la 5 ani temniţă grea, pentru infracţiunea de „activitate contra clasei mun­citoare”. Însă, conform Decretului nr. 421/1955 executarea pedepsei era sus­pendată. Decizia nu a fost bine primită de organele Securităţii. Într-un raport, an­chetatorul Gheorghe Enoiu arăta că „ho­tărârea instanţei este greşită”, cerând in­troducerea „recursului în supraveghere”. Pentru că prevederile Codului penal nu permiteau reanchetarea persoanei în ca­uză, atunci Enoiu a cerut eliberarea şi rearestarea părintelui. Astfel, la 1 august 1960, părintele a fost eliberat, pentru ca la 11 octombrie acelaşi an să fie rearestat, după ce la 29 septembrie Tribunalul Militar Suprem emisese Decizia nr. 248 de condamnare la 6 ani temniţă grea. A urmat calvarul detenţiei: Jilava (octom­brie 1960), Gherla (noiembrie 1962), Aiud (februarie 1963), Salcia (mai 1963). A fost eliberat la 22 iulie 1964 din lagărul de muncă de la Ostrov.