Continuă să facă misiona­rism în mijlocul credinciosilor din Neamț greu încercați de abaterile morale si de stilism. În februarie 1948 obține auto­rizație de la Ministerul Infor­mațiilor si Patriarhia Română pentru a face colportaj și a rula cu cinematograful. Însă, noul regim nu putea accepta misio­narismul crestin. În seara zilei de 21 martie 1948, în scoala din Humulești, Dosoftei Moraru rulează două filme „Viața lui Iisus” și „Jertfa lui Avram”, apoi împarte mai multe exemplare din broșura „Stil vechi sau credința” scrisă de protosinghelul Nicodim Măndiță. La câteva zile, Siguranța Neamț primește un denunț cum că părintele Dosoftei ar fi colportat broșuri cu conținut „antidemocratic, anticomunist și rasist”. În fapt, era vorba de o frază inserată de cenzura antonesciană la data publicării broșurii, 1942. Au urmat percheziții în chilia părintelui de la Sihăstria și confis­carea celor 160 de exemplare, a aparatului cinematograf și a filmelor. Totuși, prin Sentința nr. 282 din 3 iunie 1948 a Tribu­nalului Militar Iași, părintele a fost con­damnat la 1 an închisoare corecțională cu suspendare.

După acest moment, părintele Dosof- tei se hotărește să intre la magisteriu. Vine în București, alăturându-se obștii de la mănăstirea Antim. Slujește la Antim, dar și la Catedrala patriarhală. În 1954 este remarcat de episcopul Teofil Herineanu al Romanului și Hușilor, care îl cheamă în postul de eclesiarh al catedralei romașcane. Aici slujește doar doi ani, deoarece este rechemat la mănăstirea de metanie. Mitropolitul Sebastian Rusan al Moldo­vei dorea să refacă duhovnicește mănăs­tirea Putna și ceruse Sihăstriei formarea unei obști. Astfel, din 17 mai 1956 Do­softei Moraru a devine starețul Putnei în fruntea celor 16 monahi plecați de la Si­hăstria.

În calitate de stareț al Putnei voievo­dale, părintele Dosoftei s-a îngrijit de re­vigorarea vieții monahale, dar și de asi­gurarea unor condiții economice propice funcționării mănăstirii. E drept că revi­gorarea vieții monastice de la Putna nu se făcea fără aprobarea autorităților statului, în contextul jubileului de 500 de ani de la urcarea pe tronul Moldovei a domnitorului Åžtefan cel Mare. În acest context, pentru asigurarea traiului monahal, starețul Dosoftei a făcut demersuri în vederea obținerii, măcar în parte, a unor proprietăți funciare vechi ale mănăstirii, aflate în posesia autorităților statului. Însă, demersurile părintelui au iritat autorită­țile statului. La această situație deja ten­sionată, se adăugau manifestările cultu­rale organizate la jubileul putnean din 14 aprilie 1957 de către studenții ieșeni la inițiativa lui Alexandru Zub (ideea unui pelerinaj la mănăstirea voievodală era con­siderată „de inspirație legionară”). Din aceste motive, la intervenția Departamen­tului Cultelor, părintele Dosoftei a fost înlocuit din stăreție.

Părintele revine cu slujirea la Cate­drala patriarhală, mai ales pentru obți­nerea doctoratului în Teologie. Însă, autoritățile declanșaseră un nou val de arestări și de restricționare a vieții monahale din România. Este arestat în noap­tea de 7 spre 8 august 1959, din chilia sa de la Patriarhia Română. În ancheta de la Ministerul de Interne este acuzat de două mari infracțiuni: „activitate intensă contra clasei muncitoare” și „uneltire contra ordinii sociale”. Faptele încadrate la prima infracțiune erau acti­vitatea misionară și publicistică a părin­telui în Transnistria, adică, conform anchetatorilor, „făcea propagandă împo­triva clasei muncitoare si a mișcării revoluționare; de asemenea, în mod eronat căuta să arate că în orânduirea socialis­tă cei care renunță la religie sunt bătuți și supuși la alte pedepse”. Conform pri­mei anchete consemnate (9 august), părintele „a recunoscut” faptele sale. Însă, pentru anchetatori dosarul era prea subțire. Aceștia au recurs la audierea unor martori, din a căror procese ver­bale reieșea că, în timpul studiilor la Seminarul de la Cernica, apoi în viețuirea de la Sihăstria și Putna, părintele ar fi întreținut o „activitate legionară” inspi­rată de călugări, precum Daniil Sandu Tudor sau Arsenie Papacioc. Astfel, era încadrat la a doua infracțiune, cea de „uneltire contra ordinii sociale”.

La proces, în data de 26 ianuarie 1960, părintele Dosoftei nu a recunoscut nimic din acuzațiile legate de vreo activitate le­gionară, iar la 19 martie a fost condamnat prin Sentința nr. 33 a Tribunalului Militar București la 5 ani temniță grea, pentru infracțiunea de „activitate contra clasei mun­citoare”. Însă, conform Decretului nr. 421/1955 executarea pedepsei era sus­pendată. Decizia nu a fost bine primită de organele Securității. Într-un raport, an­chetatorul Gheorghe Enoiu arăta că „ho­tărârea instanței este greșită”, cerând in­troducerea „recursului în supraveghere”. Pentru că prevederile Codului penal nu permiteau reanchetarea persoanei în ca­uză, atunci Enoiu a cerut eliberarea și rearestarea părintelui. Astfel, la 1 august 1960, părintele a fost eliberat, pentru ca la 11 octombrie același an să fie rearestat, după ce la 29 septembrie Tribunalul Militar Suprem emisese Decizia nr. 248 de condamnare la 6 ani temniță grea. A urmat calvarul detenției: Jilava (octom­brie 1960), Gherla (noiembrie 1962), Aiud (februarie 1963), Salcia (mai 1963). A fost eliberat la 22 iulie 1964 din lagărul de muncă de la Ostrov.